La reclamación de la devolución del céntimo sanitario se puede llevar a cabo por la vía administrativa o presentando una reclamación por responsabilidad patrimonial. Con la primera se trata de presentar una solicitud de devolución de ingresos indebidos ante la administración tributaria. Este procedimiento se fundamenta en el derecho a recuperar las cantidades indebidamente ingresadas por el impuesto, al haber sido declarado ilegal, más los intereses correspondientes.
La reclamación por responsabilidad patrimonial también se inicia por la vía administrativa y en caso de desestimarse o no resolverse en un plazo de seis meses, se abre la vía del contencioso. Este procedimiento se fundamenta en el derecho a una indemnización por los daños causados por la administración al mantener durante 10 años un impuesto cuya legalidad estaba cuestionada por el Tribunal Europeo.